Ga Nam cảng ban đầu được xây dựng bởi Nhật Bản trong thời kỳ Đài Loan thuộc Nhật vào năm 1899 để phát triển công nghiệp địa phương và gia tăng dân số. Sau đó, nhà ga được nâng cấp 3 lần để thúc đẩy sự tăng trưởng mạnh: vào năm 1905, năm 1966 (do KMT chuyển chính phủ Trung Hoa Dân Quốc đến Đài Loan), và khoảng 1986–1987 (để đáp ứng sự gia tăng lưu lượng hành khách gia tăng và giao thông của cảng mới).